Svoji fotbalovou kariéru začal v mužstvu ASK Baumgarten, odkud v žákovských kategoriích přestoupil do Rapidu Vídeň. V dresu Rapidu si v sezoně 1999/2000 odbyl premiéru A-týmu a postupem času se stal oporou. Zároveň vykonával pozici kapitána.[3] Na jaře 2005 se s mužstvem radoval ze zisku ligového primátu.[4] V lednu 2006 odešel na přestup do Red Bullu Salzburg. V létě 2007 zamířil na hostovat do zahraničí, konkrétně do řeckého Panathinaikosu FC. Před odchodem na hostování odehrál za Salzburg jedno střetnutí, díky němuž se částečně podílel na zisku mistrovského titulu.[4] Po skončení dvouletého hostování se stal kmenovým hráčem Panathinaikosu. V červenci 2009 vedly jeho další kroky do německého celku 1. FSV Mainz 05, kde nejprve hostoval a poté do klubu přestoupil. Ivanschitzovou třetí zahraniční destinací se stalo působení ve Španělsku, v mužstvu Levante UD. Na začátku roku 2015 se rozhodl okusit kanadsko-americkou MLS, kde nastupoval za tým Seattle Sounders FC, se kterým se v sezoně 2016 radoval ze zisku ligového titulu.[5]
FC Viktoria Plzeň
V lednu 2017 přestoupil do české Viktorie Plzeň, kde podepsal smlouvu do léta 2018.[6] Ve Viktorii se setkal s trenérem Romanem Pivarníkem, který jej znal ze společného působení v Rapidu Vídeň.[3][5] Původně nosil v Plzni dres s číslem 27. Po smrti dlouholetého hráče Viktorie Františka Rajtorala, který měl na zádech toto číslo, byla dvacetsedmička na Rajtoralovu počest vyřazena a Ivanschitz dostal nové číslo 33.[7]