Antimonopolní úřad dlouhodobě čelí kritice, že vyšetřuje pomalu a vyvíjí málo vlastní iniciativy. "Úřad reaguje jen na cizí podněty. Sám se do vlastních šetření nepouští," tvrdí Jiří Skuhrovec z organizace EconLab, která spadá pod Univerzitu Karlovu. Úřadu ve své studii vyčetla, že přes dvě třetiny případů vyšetřuje pětkrát pomaleji, než by podle zákona měl.